Autor de un cine personal y poco habitual, y de varios éxitos de taquilla, Javier Aguirre fue reconocido con la Medalla de Oro de la Academia junto a su pareja, la actriz Esperanza Roy. Comenzó su andadura a principios de los 60 con cortos experimentales y de vanguardia que fueron premiados en festivales. Pasajes tres (lo viejo, lo nuevo y más) ganó la Concha de Oro al mejor cortometraje del Festival de San Sebastián.
Realizador, guionista, productor y director de fotografía, al cineasta donostiarra siempre le interesó el anti-cine, según su propia definición, e indagar en el lenguaje. En su ecléctica filmografía, que supera los 80 títulos, figuran Una vez al año ser hippy no hace daño, Pierna creciente, falda menguante, Soltera y madre en la vida, De profesión sus labores, Esposa de día, amante de noche, En busca del huevo perdido; películas con Los Bravos, Raphael, María Jesús y su acordeón, el grupo Parchís y Martes y Trece; el monólogo Vida / perra; y Variaciones 1/113, que reproduce 113 veces, con ligeras alteraciones, el beso entre Javier Bardem e Inés Sastre.
Protagonista de (aguirre), documental que se presentó en el Festival de Málaga, su último trabajo estrenado fue Sol, obra sobre la madrileña Puerta del Sol rodado en dos épocas –de 1967 a 1970 en blanco y negro, y la contemporánea filmada entre 2005 y 2009 en color–.
Javier Aguirre fue un cineasta precoz que con 15 años publicó su primera crítica cinematográfica, con 17 fundó el primer cine-club de San Sebastián, su ciudad, y con 19 realizó su primera película amateur en la que dio su primer papel a Alfredo Landa. Durante seis décadas logró conectar con el gran público y también dedicarse al cine de vanguardia y a investigar el lenguaje cinematográfico. Dos vertientes contrapuestas que desarrolló de forma paralela. Festivales de todo el mundo abrazaron sus cortos, con los que empezó haciendo cine experimental, y su salto al largometraje, Los chicos con las chicas, con Los Bravos, está entre las cien películas más taquilleras de nuestro cine. Trabajó con Adolfo Marsillach, Fernando Fernán Gómez, Javier Bardem, Julieta Serrano, Berta Riaza, Mary Carrillo, Emma Cohen, Sara Montiel, Francisco Rabal, María Jesús Valdés, José Sacristán, Manuel de Blas, Santiago Segura, Paul Naschy, Lina Morgan, Martes y Trece, Raphael, Parchis, Torrebuno y con Esperanza Roy, con la que formó un tándem de los más únicos de la historia del cine español hasta la muerte del donostiarra en 2019.
Las inolvidables Carne apaleada y Vida/perra, La monja alférez y Medea 2, son algunas de las películas en las que Roy fue dirigida por Aguirre, un artista con los ojos siempre puestos en otras artes, por lo que en sus obras se arropó de músicos, plásticos y poetas.