El crimen del Padre Amaro

México, 2002. Amaro, un joven de 24 años recién ordenado sacerdote, llega a la parroquia de un pequeño pueblo (Los Reyes) para auxiliar en los servicios del templo al Padre Benito. En el pueblo, el Padre Amaro conoce a Amelia, una hermosa chica de 16 años. El Padre Amaro, poco a poco se va dando cuenta de lo que sucede en el pueblo: el Padre Benito recibe ayuda económica de los narcos de la región, encabezados por El Chato Aguilar. Además, otro cura de la diócesis, el Padre Natalio, es sospechoso de ayudar e impulsar a guerrilleros. Las cosa se complican cuando Amelia y Amaro reciben una noticia sorprendente: el Padre Benito sufre de un infarto y el Padre Natalio recibe amenazas de ser excomulgado. Amaro, en medio de todos estos problemas, rehúsa a poner en juego su carrera como sacerdote..